用經(jīng)過改造的DNA靶體對嵌合微陣列平臺進行的客觀比較顯示出它們的高性能和成本效益。

北卡羅來納大學（Chapel Hill, NC, USA; www.unc.edu）、Dana-Farber癌癥研究所（Boston, MA, USA; www.dana-farber.org）及斯坦福大學(Stanford, CA, USA; www.stanford.edu)的DNA元件百科全書（ENCODE; Bethesda, MD, USA; www.genome.gov/10005107）的成員組織的研究，評估了來自安捷倫 (Santa Clara, CA, USA; www.agilent.com)、 Affymetrix (Santa Clara, CA, USA; www.affymetrix.com)和 Nimblegen (Madison, WI, USA; www.nimblegen.com)的DNA微陣列，有七家獨立的實驗室在使用這些設(shè)備。

本研究中spike-in DNA組分的設(shè)計是為了模擬染色質(zhì)免疫沉淀作用(ChIP)或?qū)拕討B(tài)范圍拷貝數(shù)擴增實驗。為了確保評價公正，spike-inDNA的組分并未透露給參加者。這使得從數(shù)量上無偏倚地評價每臺檢測和量化預定義標準的靈敏度和特異性成為可能。

平臺以它們最高可能的嵌合密度進行比較。以可比較的算法評估結(jié)果時，安捷倫始終能達到最高分或相當?shù)姆謹?shù)，而且，與其它任何一個平臺相比，安捷倫做到這些只需較少的探針、半數(shù)的重復次數(shù)和少量的樣本DNA。

研究發(fā)現(xiàn)，較長的寡聚核苷酸(60-nt)本文關(guān)鍵字: 微陣列平臺 高性能 成本效益